数据从最初的开放共享到现在的市场化配置，是社会发展的必然结果。数据是城市大脑建设的关键。然而，目前城市数据治理仍存在一定困难：制度设计上更多是从政府部门间共享数据、开放数据的角度出发，很少考虑政府部门如何从外部获取数据重构业务流程、重塑业务模式。对于如何保护个人隐私这一关键性问题，尚没有切实可行的技术和管理策略。对于数据权在法律层面的认定，包括数据的所有权、使用权和处理权等等，仍存在不能完全分割和彻底分割等问题，无法在法律上给予认定和保护，严重影响数据的有序自由流动。数据治理的难题严重制约了城市大脑在数据的共享、开放、数据关联应用上的进一步发展。

顺应数字化转型的理念和认识跟不上。部分地方和部门对新技术、新模式有一定抵触，畏惧创新、害怕变革，对政府治理数字化转型发展的规律和趋势认识不足。很多政府部门将政府的数字化转型简单等同于是单纯的信息技术主导和驱动的，忽略了政府数字化转型是一项思想理念创新、业务流程创新、业务流程创新、组织架构创新、信息技术创新的系统性、协同性和引领性的改革。由于治理理念的限度，城市大脑建设过程中，尚存在无法内嵌业务流程再造、数据共享模型存在不足，仍存在个别政府部门、个别层级、个别业务独立分散的构建业务系统，未能融入城市大脑建设项目，造成财政资金的浪费、新的数据孤岛、业务分割等种种问题存在。

数字技术的快速发展和应用渗透，使得城市大脑的建设是一个快速迭代、不断创新的过程，应该将政府的职责体系不断的嵌入到城市大脑中，将城市大脑汇聚的海量数据资源与政府职能相结合，推动政府治理能力现代化。政府全方位的管理体制变革研究是政府数字化转型需要触及的内在本质，当下层级式、分散式、串联式的政府治理模式所形成的纵向权利固化与横向部门间业务沟通不畅，属地管理下的跨区域联动的困境等一系列问题严重制约了这一建设过程。政府的数字化转型创新需要打破政府内部的部门和层级边界，实现系统对接、数据共享，以“整体政府”的形态协同推进。